2035年的日本，某個研究計畫引發了一場名為「大爆炸」的意外，並產生了一隻失去控制的人工生命體「渾沌」。渾沌佔據了整個黑部峽谷，而這個曾被譽為人類希望的研究重鎮就因安全問題遭政府全面封鎖。 兩年後，在大爆炸中失去家人的15歲少女橘愛子，從轉學生神崎雄哉得知令人難以置信的事實——她的體內隱藏著一個秘密，而一切謎題的答案就藏於大爆炸的中心地「原初點」。